Pondok Pesantren Al-Khoiriyah saat ini mengelola beberapa lembaga studi formal, di antaranya:
- PAUD / Raudhatul Athfal (RA)
- Madrasah Ibtidaiyah (MI Setara SD)
- Madrasah Tsanawiyah (MTs Setara SMP)
- Madrasah aliyah (MA Setara SMA)
- Mengelola Penyelenggaraan Universitas Terbuka (UT) di daerah Pedalaman Muara Sugihan Kabupaten Banyuasin, Sumatera selatan.
