Sebagaimana lembaga pendidikan pesantren pada umumnya, PP Al-Khoiriyah menyelenggarakan pendidikan pesantren yang sebenarnya terpadu dengan dengan pendidikan formal. Namun demikian, pendidikan khusus kurikulum pesantren dapat dideskripsikan sebagai berikut:
- Pengajian Kitab Kuning, kajian terhadap hazanah keilmuan klasik melalui kitab-kitab rujukan utama.
- Penyelenggaraan tradisi dan budaya pesantren pada umumnya, seperti yasin, tahlil, barjanji, manaqib dan sebagainya.
- Penyelenggaraan kesenian-kesenian Islami, seperti Tilawah Qur’an, rebana, seni shalawat, hadrah dan sebagainya.
- Penyelenggaran kegiatan-kegiatan keagamaan bersama masyarakat umum, wali murid, pejabat terkait dan sebagainya.
